Flash课件制作之前需要由教学设计专家进行必要的教学设计，确定课件表达的文字材料，在内容的关键处设置疑问，引导学习者进行知识探究。问题的恰当设置有利于学习者与文字材料的交互，提高教学效率，一方面它可以引导学习者进行深层次思考，深化教学内容;另一方面可以避免学习者出于好奇，不顾需要学习的知识内容，一味点击“下一步”，直至课件播放结束，迷失学习目标。
教学课件的原则选择主题鲜明的可以用课件来表现的主题，能使课件充分发挥作用，是其它教学手段所不能解决或达不到洗效果的。在认真分析知识要点的基础上，着力于从学生的学为中心，恰到好处的运用现代信息技术的诸多功能，真正实现课件运用与生物教学的整合，必然会来来学生学习效率的提高，也必然会使学生的创新思维和能力得到充分的发展。
将两个不同的色相并立于一起所产生的对比效果，称为色相对比。公开课课件中，如果应用对比强烈的色彩，比如红与黄，或黄绿与红，或红与蓝绿相衬，容易造成对比过度，和谐不足，学习者长时间观看容易引起视觉疲劳，因此在一般常用相似色进行对比，以获得悦目、柔和的艺术效果。但要注意相近色对比若使用不当，会产生呆板、单调的感觉。
根据教学内容的特点编排教学的顺序。可画出课件执行情况流程图来描述教学顺序，其类似于程序设计的流程图。安排教学顺序时应服从教育理论的指导，符合人的认知规律，做到化繁为简，深入浅出。常用的教学模式有操作练习模式、个别辅导模式、咨询模式、模拟演示模式、问题求解模式、教学游戏模式。根据不同教学目的选择教学模式，教学模式也可以重叠使用。
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